Храм построен в 1936 году.
Первоначально Петро-Павловский храм в Шауляй был построен в центре города в 1864–1867 годах. Храм был воздвигнут частично на средства, выделенные из фонда контрибуций поместий Виленским генерал-губернатором Н.М.Муравьевым, и частично - на добровольные пожертвования.
Во время Первой Мировой войны, в период немецкой оккупации, в Петро-Павловском храме был размещен военный госпиталь. Позднее православный приход при храме восстановлен.
На здание церкви претендовали городские власти, намереваясь на ее месте построить магистрат. После судебного разбирательства в 1929–1933 годах земельной участок, на котором стояла церковь, был признан за городскими властями. Прошение в пользу прихода о льготной аренде, хотя бы части участка, городскими властями было не удовлетворенно. Верующие обращались даже к Президенту, министру просвещения. Но несмотря ни на что, в 1933 году суд постановил снести церковь в течение месяца за счет Епархиального Совета (только за тротуар и деревья епархия могла получить 3663 лита).
Но уже в 1935 году митрополит Елевферий (Богоявленский) вручил Президенту, премьер-министру, министрам внутренних дел и просвещения меморандум с просьбой о восстановлении церкви или возможности построить новую. И в конце 1936 года новый храм в честь апостолов Петра и Павла был воздвигнут на кладбище (Министерство Просвещения для этого выделило 30 000 литов).
По данным Епархиального Совета в 1937 году постоянных прихожан Перто-Павловского храма было 1832 человека.
Советскими властями приход был официально зарегистрирован в 1947 году.