Первая деревянная церковь в Кедайняй, во владениях Радзивилов, построена еще в 1652 году вместе с монастырем. В 1771 году монастырь сгорел и пришел в запустение (официально Священным Синодом закрыт в 1798 году). Деревянный храм из-за отсутствия общины не действовал. Позднее отремонтирован, но богослужения в нем совершали только военные капелланы останавливающихся в городе военных частей. Постоянный приход был открыт только в 1846 году.

Нынешний каменный храм в честь Преображения Господня был воздвигнут на средства Священного Синода в 1895 году. Он находится в самом центре города. Во время Первой мировой войны не пострадал. Богослужения возобновлены в ноябре 1918 года.

По сведениям Литовского епархиального совета в 1937 году постоянных прихожан в Преображенском храме было 341 человек.

В 1945 году было около 230 прихожан. Советской властью приход был зарегистрирован в 1947 году вместе с кладбищенской часовней в честь ап. Андрея Первозванного, которая в 1961 году была снята с регистрации и стала использоваться под склад.

В настоящее время настоятелем Преображенского храма является протоиерей Николай Мурашов.