Первая деревянная церковь в Расейняй была построена на казенные средства в 1842 году и освящена в честь апостола Иоанна Богослова. По инициативе Виленского генерал-губернатора Н.М.Муравьева было решено построить новый каменный храм. Первоначальный деревянный храм в 1865 году был перенесен на кладбище. Н.М.Муравьев для постройки нового храма выделил средства из фонда контрибуций поместий.

Каменный храм во Имя Животворящей Троицы в Расейняй был воздвигнут в 1870 году на месте снесенного католического костела. В 1923 году католическая Жемайтийская епархия требовала здание храма с участком вернуть Католической Церкви, но это требование было отклонено: храм оставили православным.

По данным Епархиального Совета в приходе в 1937 году было 1321 постоянных прихожан.

В советские времена Свято-Троицкий приход был официально зарегистрирован властями в 1947 году. В 1949 и 1956 годах производился ремонт. По епархиальным сведениям в 1957 году было 205 постоянных прихожан. В свое время уполномоченный по делам религии не поддержал инициативу местных властей из-за небольшого числа прихожан закрыть храм. В 1996–1997 годах горсовет ремонтировал здание храма.

В настоящее время Свято-Троицкий храм приписан к Кедайняйскому Преображенскому приходу.

Настоятель храма - протоиерей Николай Мурашов.