Храм построен в 1935 году.
Каунасский Благовещенский собор расположен в центральной части города, недалеко от вокзала. Березы и клены, липы и тополя окружают территорию храма и неторопливо переходят в парковую зону. Парк, в котором расположен Благовещенский собор и рядом – Воскресенская церковь, раньше был некрополем, где нашли для себя место упокоения многие христиане. Сегодня это место называется Рамибес паркас.
В 1930 году Каунас был временной столицей Литовской Республики. В городе было два действующих храма - Воскресенский храм (имел статус Кафедрального собора) и Свято-Андреевский храм. Воскресенский храм был построен в 1862 г. и сейчас находится рядом с Благовещенским собором в одной ограде.
В середине XIX века Воскресенский приход был небольшой, но со временем количество верующих настолько увеличилось, что люди едва помещались в стенах храма. В начале XX в. при храме действовали русская начальная школа, гимназия и приходская школа, сестричество и братство. После провозглашения независимости Литвы в 1918 г. более десятка православных храмов г. Каунаса перешло к новым владельцам. Один из оставшихся – Воскресенский храм – уже не вмещал всех верующих, поэтому Епархиальный Совет решил просить правительство возвратить православный собор Петра и Павла, находящийся на Лайсвес аллее. Малый придел этого собора находился в ведении униатов, в большом алтаре совершались католические богослужения. Этот собор когда-то считался гарнизонным. Городские власти отказались возвратить собор, но предложили построить рядом с Воскресенской церковью большой храм, и выделили на строительство денежные средства, а также по окончании строительства вернули весь иконостас главного алтаря собора. В 1932 г. началось возведение нового храма. Средств, выделенных городскими властями, не хватало для постройки нового храма, поэтому православные люди вносили свою посильную жертву в дело сооружения храма, многие приняли участие непосредственным трудом на строительстве.
Для постройки нового собора кабинет Министров выделил 85 тыс. литов. Конечно, этих средств не хватало. Недостаток был восполнен пожертвованиями верующих. Благовещенский собор был заложен в 1932 г. и в 1935 г. освящен. Новый храм был воздвигнут на православном кладбище рядом с Воскресенской церковью. По данным Епархиального совета в 1937 году постоянных прихожан Благовещенского собора было 4560.
Окормление паствы нового Благовещенского собора было поручено митрофорному протоиерею Евстафию Калисскому, самоотверженно трудившемуся вплоть до 1941 г. Вторым священником был протоиерей Василий Недвецкий, архидиаконом – монах Гавриил Кобец. В соборе с ноября по апрель выставлялась для почитания икона Божией Матери из Сурдегского монастыря (сейчас постоянно находится в соборе).
В 1923 г., когда Вильнюсский край был оккупирован Польшей, митрополиту Елевферию (Богоявленскому) было предложено возглавить ту часть Виленской и Литовской епархии, которая находилась в пределах независимой Республики. Владыка перенес епископскую кафедру из Вильнюса в Каунас и поселился в церковном доме. Обратно в Свято-Духов монастырь владыка Елевферий переехал только в 1939 г., поэтому именно он опекал строительство нашего храма и заботился о благоустройстве церковной жизни нашего прихода. Направленный в 1940 году на его место митрополит Сергий также проявлял большую заботу о нашем храме. Большой интерес владыки вызывал прекрасный в то время хор – он приходил сам и пел на хорах, так как обладал хорошим голосом и любил песнопения. Воскресенский храм был закрыт в 1962 г. решением государственных властей (и был возвращен собору только в 1992 году), и в Каунасе оставался действующим один Благовещенский собор.
В 1945 году было 580 прихожан. Советской властью приход был официально зарегистрирован вместе с приписным Воскресенским храмом в 1947 году. Тогда богослужения в соборе совершали 3-4 священника, протодиакон, два псаломщика. В 1957 году было 2385 православных.
Благовещенский кафедральный собор построен во Владимиро-Суздальском стиле, с пятью куполами, увенчанными позолоченными крестами. Здание было сложено из серого киприча. Западный фасад здания украшает крыльцо с колоннами и тремя входами во храм. Внутренние своды храма опираются на четыре колонны. Алтарная часть имеет два престола: центральный алтарь, освященный в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, и правый придел, освященный в честь святых Виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия. Почитаемая святыня нашего собора – чудотворная икона Сурдегской Божией Матери. К Сурдегскому образу Божией Матери обращаются в своих молитвах не только православные Литвы, но и верующие, приезжающие из зарубежья. Немногие знают, что в нашем храме есть икона с мощами преп. Евфросинии Полоцкой, а также: пожертвованная нашим прихожанином икона святителя Луки (Войно-Ясенецкого) с доставленной из Симферополя частицей его мощей.
В настояшее время в соборе служат четыре клирика: настоятель прот. Николай Мурашов (благочинный Каунасского округа), прот. Игорь Ринкевич, диакон Константин Панкрашов и диакон Антоний Гаврилов.